“呈贡”为彝语地名“柴谷”的译音，意为盛产稻谷的海湾坝子。呈贡历史悠久，在距今3万年前的旧石器时代就有“昆明人”在此生息繁衍。春秋战国时期，呈贡属于古滇国的中心区，创造了灿烂的青铜文化。
西汉元封二年（公元前109年），西汉王朝在古滇国区域设置益州郡，呈贡区辖区属于益州郡滇池、谷昌县地，历经汉晋南北朝而未改。隋唐时期呈贡区辖区为昆州益宁县地。南诏大理国时期，呈贡区辖区属于三十七部强宗部，彝族先民建有呈贡城。
元朝平定大理国后，先于宪宗六年（1256年）立呈贡千户所，隶属鄯阐府阳城堡部。至元十二年（1275年）首次设置呈贡县，下辖呈贡、诏营、切龙、雌甸、塔罗、罗忽6城及乌纳山区，属中庆路晋宁州领县。不久，呈贡县改为晟贡县。
明洪武十六年（1383年）复为呈贡县，下辖4里。
清康熙七年（1668年）归化县建制撤销，所辖2里并入呈贡县，并废里改乡。雍正五年（1727年）呈贡县改属云南府晋宁州领县。
民国时期，呈贡县直隶云南省。1927年，呈贡县所辖6个乡改为4个区，4区下辖69个乡（镇）。
云南省解放后，1950年1月12日成立呈贡县人民政府，隶属云南省玉溪专区，全县下辖平原、三台、果园、七星、梁王、海宝6个区。同年8月，并平原、三台为平原区，并果园、七星为果园区，并梁王、海宝为梁王区，3区共辖27个乡。
1958年全县辖区建为乐园、幸福2个人民公社，下辖19个管理区。同年12月10日，呈贡县建制撤销，所辖区域并入晋宁县，成立多个人民公社。
1961年4月从晋宁县划出龙街、吴家营、大渔、洛羊、马金铺5个人民公社成立呈贡区，隶属昆明市。
1963年呈贡区增设七甸人民公社，全区辖6个人民公社。
1965年9月1日恢复呈贡县建制，仍隶属昆明市。
1984年全县撤公社建为6区1镇，下辖59个乡、3个乡级镇和3个乡级办事处。
1988年区（镇）改乡（镇），全县设龙城、洛羊2个镇和龙街、七甸、吴家营、大渔、马金铺5个乡，下辖65个办事处。
1999年龙街乡更名为斗南镇，全县辖4乡3镇。
2003年5月，根据云南省委、省政府提出的“一湖四环”“一湖四片”的现代新昆明战略构想，呈贡县的龙城镇、洛羊镇、斗南镇、吴家营乡、大渔乡的160平方千米区域被确定为现代新昆明的东城区，后又称为呈贡新城，2006年9月后改称为呈贡新区。
2007年12月，呈贡县所辖龙城镇、洛羊镇、斗南镇、吴家营乡建制撤销，分别设立龙城、洛羊、斗南、吴家营4个街道，其辖区范围分别为龙城镇、洛羊镇、斗南镇、吴家营乡的辖区范围。
2008年5月1日，呈贡县马金铺乡的86.88平方千米范围由呈贡县人民政府委托昆明高新技术开发区管理委员会管理，大渔乡的24.99平方千米范围由呈贡县人民政府委托昆明滇池旅游度假区管理委员会管理，洛羊街道的71.44平方千米范围由呈贡县人民政府委托昆明经济技术开发区管理委员会管理，全县辖区面积461平方千米，呈贡县委、县政府实际管理龙城、斗南、吴家营3个街道和七甸乡，实管面积277.69平方千米。l0月6日，呈贡县委、县政府将实际管理的4个乡（街道）调整设置为7个街道，为新区党工委、县委、新区管委会、县政府派出机构：保留龙城、斗南、吴家营3个街道。其中，龙城街道行政区划面积为9.47平方千米，辖城内、古城、龙街3个社区；斗南街道行政区划面积为11.27平方千米，辖殷联、斗南、梅子、江尾、小古城5个社区；吴家营街道行政区划面积为56.39平方千米，辖万溪冲、前卫营、段家营、刘家营、柏枝营、缪家营、郎家营、中庄、王家营9个社区。新增设洛龙、乌龙、雨花3个街道。其中，洛龙街道行政区划面积为17.76平方千米，辖洛龙、吴家营、白龙潭3个社区；乌龙街道行政区划面积为18.41平方千米，辖上可乐、下可乐、乌龙、七步场、三岔口、松花6个社区；雨花街道行政区划面积为16.54平方千米，辖下庄、雨花、回回营3个社区。七甸撤乡改街道，行政区划、辖区面积不变。
2009年，七甸乡和已托管的大渔乡、马金铺乡先后撤乡改街道。
2010年7月1日，呈贡县七甸街道的126平方千米范围由呈贡县人民政府委托阳宗海管理委员会管理。
2011年5月20日，经国务院批准，国务院办公厅下发《关于同意云南省调整昆明市部门行政区划的批复》（国函〔2011〕58号），同意撤销呈贡县，设立昆明市呈贡区。此后，根据国务院批复，省、市、县三级党委、人大、政府、政协就呈贡县撤县设区的有关问题相继作出决定、决议。11月1日，昆明市举行呈贡县撤县设区暨加快呈贡发展大会，市委、市人大、市政府、市政协主要领导分别为昆明市呈贡区委、区人大、区政府、区政协授牌授印并从即日起正式启用。
2014年末，呈贡区辖龙城、斗南、吴家营、洛龙、乌龙、雨花6个街道29个社区及已托管的洛羊、大渔、马金铺、七甸4个街道36个社区，辖区面积510.2平方千米。呈贡区委、区政府实际管理龙城、斗南、吴家营、洛龙、乌龙、雨花6个街道29个社区，实管面积200.89平方千米。